Simulation spectre MS/MS peptide

Simulateur spectre MS/MS peptides

Ce simulateur MS/MS peptide propose une approximation théorique de la fragmentation d’un peptide et de la distribution relative des fragments observés.

Il s’appuie sur :

• des règles classiques de fragmentation (séries b/y, pertes neutres, effet proline, etc.) ;

• le modèle du proton mobile et des tendances liées aux affinités protoniques (la protonation influence la probabilité de rupture autour de certains résidus) ;

• une calibration empirique inspirée de spectres MS/MS réels acquis sur un spectromètre de masse Orbitrap en mode de fragmentation HCD (Higher energy Collision Dissociation).

Limites du modèle

Même avec ces règles physico-chimiques, il est impossible de prédire exactement un spectre expérimental. La fragmentation réelle dépend de nombreux paramètres souvent non observables directement :

• la conformation du peptide et sa dynamique en phase gazeuse ;

• la localisation effective des charges et les réarrangements de protons ;

• des effets à distance (résidus éloignés du site de coupure qui modifient l’énergie de dissociation) ;

• l’énergie de collision, l’état de charge, la composition et les conditions instrumentales.

Le spectre généré doit donc être interprété comme un spectre attendu / plausible, utile pour :

• la protéomique ciblée (SRM, PRM, DIA),

• l’annotation des spectres MS/MS,

• la compréhension des voies de fragmentation,

mais pas comme une reproduction exacte d’un spectre expérimental.

Peptides issus d’une protéine

Pour simuler des peptides générés à partir d’une protéine (trypsine, Lys-C, etc.), vous pouvez utiliser le module de digestion enzymatique intégré à ce simulateur.

Rappelle nomenclature de fragmentation peptide